Suzume, una chica de 17 años que vive en un tranquilo pueblo de Kyushu, se encuentra con un joven viajero que le dice «estoy buscando una puerta». Ella le sigue y descubre una puerta desgastada en las ruinas de las montañas, como si fuera lo único que queda en pie de un derrumbe. Como atraída por algo, Suzume se acerca a la puerta…
Al poco tiempo, las puertas comienzan a abrirse una tras otra en diversas partes de Japón. A medida que las catástrofes llegan desde el otro lado de las puertas, las puertas abiertas deben cerrarse.
Las estrellas, el sol poniente y el cielo de la mañana: en aquel lugar en el que se adentró, había un cielo que parecía mezclar todo el tiempo. Guiada por las misteriosas puertas, comienza el «viaje de cierre de puertas» de Suzume.
